由于尖锐湿疣的明显增多，疣体大面各种各样，有时易与肛门、生殖器癌(Genital carcinoma)相混淆，近年来临床上把鳞状细胞癌误疹为尖锐湿疣，而用激光、冷冻或化学剥脱治疗者时有所见，相反者也时有出现，因为这种误疹对病人危害极大，应引起高度重视，万万不可粗心大意。发生于肛门的尖锐湿疣不少见，但肛门鳞状细胞癌也很多。典型的鳞癌和尖锐湿疣一般较易区别，但有时在临床上需注意仔细鉴别，有时阴茎龟头部的损害不能只看损害的大小、表面颜色或奇性怪状就能确诊为鳞癌。同样道理，女性外阴部的疣体或乳头瘤样增生损害或花样损害 ,也都要认真进行鉴别。