在HPV感染的性别方面，一般认为男性HPV感染率与女性类似。也有调查表明女性HPV感染率高于男性，而且年龄在25岁以下女性中HPV感染率最高。有学者报告正常男性HPV感染率较低，不超过10％，如Gurssendorf-Conen等检测530名16—85岁健康男性阴茎头HPV感染情况，结果只有31人(5.8％)HPV DNA阳性。但Fried等检查了80名大学生的阴茎，结果HPV阳性率为11％。Bosch等复习文献指出，全世界范围内女性HPV感染率在5％、44％之间。H。等发现在乎均年龄为20-~=3岁的608例女大学生中累积36个月的HPV感染率为43％。Koutsty等报道健康妇女中HPV感染率为10％-20％，而且在正常妇女的宫颈部HPV感染率较高，从3.5％-53％，且各国各地区有不同，如泰国为16％，意大利为26.9％，哥伦比亚为33.7％，希腊为36.3％等。Kiviat等检测了545名健康女大学生生殖道HPV感染情况，结果发现其感染率为11.4％。Evander等调查了276名年龄在19~25岁的女性，HPV感染率为21％。Hellberg等调查了972名妇女，发现66例有HPV感染，其感染率为6.8％。Heidi对467名女大学生行HPV检查，其HPV检出率为46％。Bauer等报告与Heidi相似，有46％的女大学生有HPV感染。我国崔满华等对正常妇女阴道壁拭子HPV检查，其HPV检出率达54％。陈丽芳等取正常人群46例和性罪错者41例女性宫颈脱落细胞标本HPV检查，结果在正常人群组中HPV阳性率为6.5％，性罪错组中HPV阳性率为63.4％。李洁等在239例正常女性宫颈组织中仅检测到10例HPV，阳性率为4.2％。
    据国外报道在有HPV感染妇女的男性性伙伴中阴茎感染HPV者达50％~80％。KokeU等检查了81例有尖锐湿疣和／或HPV感染女性的男性伴中HPV感染情况，结果有尖锐湿疣女性的男性伴中HPV感染率为67％，有尖锐湿疣亚临床感染女性的男性伴中HPV感染率为46％，有HPV感染和宫颈上皮内瘤女性的男性伴中HPV感染率为40％。Wikstrom等在性病诊所用PCR方法检查男性阴茎HPV感染情况，结果发现HPV感染高达84％。有HPV感染者，夫妇双方交互感染的机会为60％左右。